Hace 51 años, siendo Presidente de la República don Jorge Alesaandri Rodríguez, con fecha 6 de junio de 1960, se dictó la Orden Ministerial Nº 54, que creó el Sistema de Mando y Coordinación integrado, para la Conducción Conjunta de las Unidades de las Fuerzas Armadas presentes en el Teatro de Operaciones Austral. Conjunto denominado Región Militar Austral. Tal acto permitió dar solución a los problemas derivados del aislamiento de la entonces Provincia de Magallanes con respecto al resto del territorio nacional, recayendo el mando en el Oficial de Armas de Ejército más antiguo.

El 14 de diciembre de 1978, con la dictación del Decreto Supremo Nº 31, se entrega la misión, estructura y tareas específicas que debe desarrollar este Órgano de Maniobra de la Defensa Nacional, estableciendo una relación directa de mando a través del Ministerio de Defensa Nacional, y su ubicación dentro del ámbito estratégico, designando en ese entonces al General de División Nilo Floody Buxton, como su primer Comandante en Jefe. Por Decreto Ministerial Nº 98 de fecha 25 de febrero de 2010, se modifica la expresión: “Región Militar Austral, por su actual denominación “Comando Conjunto Austral”

Dentro de la Zona Jurisdiccional que comprende el territorio de la Región de Magallanes y la Antártica Chilena, con sus espacios marítimos y aéreos, tiene la responsabilidad en el ámbito militar regional de planificar, organizar y coordinar el entrenamiento militar y efectuar ejercicios conjuntos con sus Componentes de tierra, mar y aire, materializadas en la Región por la V División de Ejército, III Zona Naval y la IV Brigada Aérea, lo cual sumado al trabajo planificado con la XII Zona de Carabineros y la XII Región Policial, permiten mantener la soberanía y seguridad nacional en la Región.

Otra tarea de significación que realiza el Comando Conjunto Austral en el ámbito del desarrollo regional es brindar un permanente apoyo a la Intendencia Regional, Gobernaciones Provinciales y Municipalidades mediante la entrega de asesoría especializada en aspectos relacionados con la planificación, organización y crecimiento de actividades que vayan en directa ayuda y auxilio de las comunidades de la Región en general, a través de la cual sobresale la permanente coordinación existente entre los medios gubernamentales y militares para actuar ante situaciones de catástrofes, de emergencias y/o calamidades públicas que asolen la región.